ゲノムシーケンシングとSARS-CoV-2変異株の出現

要約

本記事では、ゲノムシーケンシングがSARS-CoV-2変異株の出現を追跡するためにどのように使用されるかを探求します。ゲノムシーケンシングのプロセスと、SARS-CoV-2を含むウイルスの遺伝子構成を分析することができる方法について説明します。また、新しい変異株に名前を付けることの重要性と、世界保健機関が特定の場所や人々との否定的な関連性を避けるためにギリシャ文字を使用している方法についても検討します。最後に、タイムリーかつ多様なデータを収集する障壁や、テストやデータの公開共有が理解できる地域、州、国の伝播動態や傾向を理解するために果たす役割についても強調します。

目次

• ゲノムシーケンシングのプロセス
• アンプリコンシーケンシング
• オミクロン変異株と懸念される変異株
• 新しい変異株に名前を付けること
• 克服すべき障壁
• 結論

ゲノムシーケンシングのプロセス

ゲノムシーケンシングは、ウイルスの遺伝子構成を分析するプロセスであり、大きなパズルを作成して組み立てます。SARS-CoV-2のゲノムは約30,000塩基長であり、すべてのウイルスは常に突然変異を起こします。ラボはSARS-CoV-2のゲノムを分析して、公衆衛生に脅威を与える変異株を追跡しています。ゲノムシーケンシングを行う研究所は、PCRテストの鼻腔スワブの約5〜10％を受け取ります。

アンプリコンシーケンシング

ほとんどの研究所は、アンプリコンシーケンシングと呼ばれる手法を使用します。この手法では、ゲノムの小さな重なり合う部分をPCRで増幅し、シーケンスします。シーケンスは、学術的および臨床的な研究所と、地方、州、連邦機関によって行われます。2週間以内に、シーケンスは公共のデータベースで利用可能になります。ラボの結果は、どの変異株を持っているかを示さないかもしれませんが、遺伝子シーケンシングはしばしばスパイクタンパク質に焦点を当てています。これにより、進化する変異株が既存の治療法にどのように影響するかを評価できます。

オミクロン変異株と懸念される変異株

オミクロンは懸念される変異株であり、デルタやそれ以前の多くのウイルスとは異なる外観をしています。オミクロンは、ボツワナと南アフリカで最初に確認され、スパイクタンパク質に32の変異が蓄積されています。懸念される変異株では、既存の治療法、ワクチン、治療法はウイルスの伝播を止めるためには機能しますが、効果が低下する可能性があります。最も深刻な変異株のカテゴリーは、高度な影響を与える変異株ですが、まだ特定されていません。オミクロン変異株は高度に伝染性であり、ワクチン接種済みの人でも免疫系に侵入し、コミュニティや医療システムに負担をかける可能性があります。

新しい変異株に名前を付けること

新しい変異株に名前を付けることは重要であり、世界保健機関（WHO）は、特定の場所や人々との否定的な関連性を避けるためにギリシャ文字を使用することを決定しました。WHOはまた、科学的な名前の使用を推奨していますが、これらは覚えにくく発音しにくいことが多いです。ギリシャ文字の使用は批判されることがありますが、新しい変異株を参照する標準化された方法を提供し、特定の地域や人々を汚名化することを避けることができます。

克服すべき障壁

ゲノムシーケンシングは、パンデミックのモニタリングと適応に重要な役割を果たしていますが、タイムリーかつ多様なデータを収集する障壁など、克服すべき障壁があります。テストやデータの公開共有は、地域、州、国の伝播動態や傾向を理解するのに役立ちます。一部の地域にはリソースやインフラストラクチャが不足しているため、ゲノムシーケンシングを行うことができない場合があります。これらの障壁に対処することは、SARS-CoV-2の新しい変異株を効果的に追跡し、対応するために不可欠です。